Auch bei der speziellen Untersuchung gibt es keine allgemein akzeptierte Konvention über einen Untersuchungsgang. "Die klinische Untersuchung" oder "den klinischen Untersuchungsgang" im Sinne einer Reihe von Untersuchungsmethoden, welche unabhängig von der Lage des Falles immer anzuwenden sind, gibt es nicht. Und ein Betriebsleiter wird (mit Recht) am Verstand eines Tierarztes zweifeln, der erklärt, bei jedem Kalb, das ihm erstmals wegen fieberhafter respiratorischer Erkrankung vorgestellt wird, unter anderem eine komplette ultrasonographische Untersuchung des Abdomens und eine Liquorpunktion in Narkose durchführen zu müssen.
Üblicherweise wird unter der speziellen klinischen Untersuchung ein Überblick über die wichtigsten Körperregionen und Organsysteme verstanden, der Anhaltspunkte liefern soll, wo durch weiterführende Untersuchungen sozusagen in die Tiefe gegraben werden muß. Es darf jedoch der Aspekt nicht vernachlässigt werden, daß regelmäßige Durchführung von Untersuchungsmethoden zum einen die dazu nötigen technischen Fertigkeiten erhält und zum anderen die eigene "Datenbasis" über die Bandbreite der möglichen Befunde aktuell hält und erweitert. Außerdem beruhen die meisten Fehldiagnosen auf Unvollständigkeit der Untersuchung und nicht auf Lücken im Wissen.
Untersuchungsgänge sind als eine Art Checkliste zu verstehen. Auch Piloten, die schon 1000 Mal geflogen sind, nehmen beim 1001. Mal ihre Checkliste zur Hand. Bei diesen Untersuchungsgängen gibt es verschiedene Aspekte, so die Praktikabilität, die Wahrung funktioneller Zusammenhänge und die Sicherheit vor Auslassungen. Einige Möglichkeiten der Durchführung der speziellen Untersuchung sind:
besprochen.Haare, Haut, Unterhaut, Schleimhäute,
Lymphapparat,
Kreislaufapparat.
Atmungsapparat,
Verdauungsapparat,
Harnapparat,
Bewegungsapparat,
Zentrales und peripheres Nervensystem